Die Kirche von Bojana am Rande des modernen Sofia ist buchstäblich ein Kleinod, sowohl was die reale Größe als auch die Kostbarkeit anbelangt. Für mitteleuropäische Maßstäbe ist die Kirche nur eine kleine, dreiteilige Kapelle aus drei Bauphasen. Doch in der Ostkirche sind auch von der funktionalen Bedeutung her viele Kirchen unverhältnismäßig klein. Man braucht nur die Kirchlein des serbischen Patriarchenklosters in Pec zum Vergleich heranziehen.

Der älteste Teile der Kirche ist ein kleine Konstruktion über einem kreuzförmigen Grundriss mit ausgewiesener Apsis aus der Zeit um 1000 und war die (oder eine) Kapelle der Festung Bojana im Ersten Bulgarischen Reich. Die Seitenwände sind außen durch je drei Blendnischen gegliedert, und über der Vierung sitzt ein kleiner gewölbter Tambour mit winzigen Fenster. Die älteren Fresken im Inneren wurden im 13. Jahrhundert übermalt als beim Ausbau der Vorraum seine Fresken bekam, und der Zustand der unteren Schichten ist unbekannt. Der aktuelle Zyklus beinhaltetet einen christologischen Zyklus nach byzantinischer Art, wie er beim Konzil von Nicäa 787 entwickelt wurde, und vermittelt trotz teilweiser Übermalungen den mittelalterlichen Eindruck.. Über allem thront in der Kuppel der Pantokrator, gestützt auf den Engeln im Tambour und den Evangelisten auf den Pendentifen. Die Apsis wird von der thronenden Jungfrau Maria dominiert, gestützt auf die Kirchenväter, Erzheilige und den Heiligen Nikolaus. Unterhalb der mittleren Zone der Kirchenausmalung mit den Festbildern und den Passionsdarstellungen findet man den Rang der Heiligen. Die Kirchenheiligen und die niedriger gewerteten Soldatenheiligen sind hier zusammengefasst.

Im 13. Jahrhunderttt fügte der Sebastokrator Kalojan, Fürst von Sredez (heute Sofia), dem älteren Bau einen zweigeschoßigen Vorbau an, der über einem kreuzförmigen Grundriss-Muster mit einem längs gerichteten Tonnengewölbe mit zwei Rundbogennischen errichtet wurde. Die in diesem als Narthex dienenden Raum erhaltenen Fresken, die 1259 datiert sind, machen den Weltruhm von Bojana aus und führten schon 1979 zur Eintragung in der Liste des UNESCO Weltkulturerbes. Der Zyklus von Bojana ist einer der am besten und vollständigsten erhaltenen Zeugnisse osteuropäischer Kunst.

Im Gewölbe findet man einen Zyklus mit Szenen der Nikolauslegende. In der Lünette über dem inneren Portal ist Maria im Typus der „Nicht von Menschenhand gemalten Ikone“ dargestellt, und in den Bogennischen sind große Darstellungen aus dem Tempel von Jerusalem zu sehen: Der zwölfjährige Jesus unter den Schriftgelehrten und die Darstellung Mariae. Die Kostbarkeit der Fresken, neben weiteren Szenen und Heiligen, sind aber die Stifterbilder. Auf der Nordwand ließ sich Kalojan als Kirchenstifter mit seiner jungen Gemahlin Dessislava darstellen. Er war also für die gesamte „Renovierung“ verantwortlich. Gegenüber zeigt das Wandbild das Zarenpaar Konstantin Asen Tih, Vetter von Kalojan, und Irina Laskarina (Eirene von Nicäa) mit eindeutig westeuropäisch beeinflussten Gesichtszügen. Das wohl berühmteste Einzelbild ist dabei das Porträt der Fürstin Dessislava, dem man durchaus realistische Züge zugestehen kann – eine einmalige Erscheinung in der mittelalterlichen Kunst.

Das Geschoß über dem Narthex war als vollständig ausgeprägte Kreuzkuppelkirche des Heiligen Panteleimon die Palastkapelle des Fürsten. Die Ausmalung ist aber nur sehr fragmentarisch erhalten. Gut erkennbar sind u.a. noch eine Deesis – Christus flankiert von Maria und Johannes dem Täufer – und eine Anastasis – Höllenfahrt Christi. Eine nicht mehr identifizierbare weitere Stifterfigur weist auf den engeren (familiären ?) Umkreis von Kajolan. Der schlichte, rechteckige Vorbau des 19. Jahrhunderts stellte ein Vergrößerung der Kirche für eine Gemeinde dar und schützte den wertvollen Kern, ist aber historisch von geringerer Bedeutung.

Die Kirche von Bojana stellt, wie sie auf uns gekommen ist, ein einmaliges historisches Dokument sowie religiöses und kunsthistorisches Denkmal nicht nur Bulgariens, sondern der Welt dar.